Roku 1340 započaly, na rozkaz krále, práce na kopci zvaném Hlemýždí vrch. Stavba měla sloužit k ochraně nepříliš důležité obchodní stezky. Majitelem tvrze se stal roku 1343 Jan Adam z Velké Dále. Tvrz po mnoho desetiletí plnila svou ochrannou funkci. V době husitských válek však stála tvrz na straně husitů. Roku 1426 zde bylo husity popraveno 300 pánů především z Míšně a Lužice. Na počátku roku 1429 obsadila tvrz posádka z nedalekého hradu Krupka. V témž roce však touto oblastí táhlo snad až 30 000 husitů, kteří osvobodili tvrz a dobyli hrad Krupka. V roce 1437 se Jiří z Hlemýždího vrchu úspěšně zúčastnil na krupském hradě mírových jednání. V roce 1506 se Kateřina Anastázie z Hlemýždí provdala za Kryštofa Blektu z Útěchovic. Tvrz v této době obhospodařuje Marek z Hlemýždího vrchu, který několik let po provdání Anastázie umírá. Tvrz tak zůstává prázdná a pomalu chátrá. Okolo roku 1540 Kryštof Blekta z Útěchovic zakládá novou ves s názvem Hlemýždí. Jeho děti Anna a Vilém se tak píší z Útěchovic a v Hlemýždí. Okolo roku 1560 se na rozpadající tvrzi usídlili lapkové. Jsou však rychle dopadeni a tvrz na Hlemýždím vrchu je srovnána se zemí.
K znovuobjevení tvrze došlo díky přispění Mistra Herrmanna, který zde prováděl archeologický průzkum. Právě díky jeho poznámkám, po dlouhém hledání, našla skupinka pátračů z OHA znovu ztracenou tvrz. Již od 14. stol se zde pořádaly trhy, které zanikli současně s odchodem pánů z hlemýždího vrchu.
V roce 2001 se nadace OHA na obnovu kulturních památek v Čechách rozhodla zachovat tvrz na Hlemýždím vrchu v současném stavu pro příští generace a vyhlásila ji za chráněnou památku s místním významem.